Как известно, ssh-copy-id не горит желанием подключаться на нестандартные порты от слова совсем:
1  | [root@server ~]# ssh-copy-id [email protected] -p 1234  | 
Обойти это недоразумение можно легко и не принужденно, добавив всего 2 кавычки:
1  | [root@server ~]# ssh-copy-id "[email protected] -p 1234"  | 
